（１）细菌对抗菌药物的耐药性
    随着时间的推移，由于抗生素滥用引起的细菌耐药性问题越来越受到关注。人们担忧，动物细菌的耐药性有可能通过食物链传递给人体的细菌。面对细菌耐药性这一全球性的难题，世界卫生组织向科学家们寻求对策，并于1981年成立抗生素慎用联盟。1997年，为减少病原菌耐药性扩散，世界卫生组织在德国柏林召开会议，倡议在动物饲料中谨慎使用抗生素。同年3月，国际粮农组织在巴黎召开会议，确定通过“风险分析，风险处理，慎用抗生素和耐药性检测”的纲领，控制饲料中使用抗生素对人类健康的威胁，会议提议建立欧洲细菌耐药性检测体系，以发现并控制对抗生素具有耐药性的病原菌。1998年，欧盟委员会颁布了杆菌肽锌、螺旋霉素、维吉尼亚霉素和泰乐菌素4种抗生素作为畜禽生长促进剂使用的禁令，该禁令于1999年7月1日生效。2000年6月5日至9日，世界卫生组织在瑞士日内瓦召开咨询会，形成了“关于控制食用动物抗生素耐药性的全球导则”的草案。欧盟已经开始实施一系列计划，研究抗生素引起的细菌耐药性的机制及其对策，并对所有现有抗生素进行重新登记评估。但是在中国滥用抗生素的情况十分严重。在2000年，由于某些教授分离到了猪附红细胞体病，号召天下养猪场使用土霉素预防，并有长效土霉素注射剂。造成土霉素紧缺，耐药性不言而喻。某些公司为推销枝原净、爱乐心，竟辅助使用2-3公斤金霉素，四环素类抗生素的耐药性和毒副作用已经给养猪带来了巨大的灾难。2006年中国由于滥用氟苯尼考，磺胺类药，耐药性明显增强，特别氟苯尼考的毒副作用严重影响养猪业的发展，猪放线杆菌、副猪嗜血杆菌、链球菌严重爆发，养猪场无药可用。阿莫西林、氨苄西林、头孢类广泛使用，造成β－内酰氨类广泛耐药和紧缺，给养猪业造成严重损失。每种药物都可以产生耐药性。一般来讲生物合成药如β-内酰氨类、氨基糖苷类、大环内脂类、多肽类、聚醚类抗生素不易产生耐药性，人工合成药如磺胺类、氯霉素类、氟喹诺酮类容易产生耐药性；小分子药喹乙醇、喹烯酮、痢菌净容易产生耐药性，大分子药如多肽类、聚醚类不易产生耐药性。因此研究药物耐药性对养猪生产的意义非常必要。
    （２）、抗生素的副作用
    如四环素类、氯霉素类抗生素可阻碍猪的造血功能和生长、降低磷的吸收，也可以使猪的免役功能下降（俗称免疫抑制剂）；痢菌净可引起猪生长滞缓；硝基呋喃类可以引起生长滞缓，也可以引起三致。抗生素的副作用很多，这里就不列举了。
    （３）药物残留问题
    这是抗生素作为饲料添加剂的争议之一。世界卫生组织最近要求世界各国有关当局要限制对牲畜使用抗菌药，特别要求对治疗肉用畜禽疾病使用的各种抗生素必须要有处方。抗生素的滥用可能产生各种耐药性、导致动物产品中的药物残留，并可将耐药性通过食品传给人，产生难以治愈的疾病。
    （４）免疫抑制
    四环素类抗生素、氯霉素类、糖皮质激素等属于免疫抑制，因此大剂量或长期使用都是不恰当的。
    (５)微生态平衡问题
    畜禽肠道中存在大量的微生物，它们是畜禽在与外界环境，饲料、饮水等接触过程中逐渐形成的，根据它们对畜禽生产所造成的影响，可以大体将肠道微生物分为有益菌群和其它条件型细菌两类。目前大量的研究结果证明，有益菌群如乳酸杆菌，双歧杆菌可以促进宿主肠壁组织结构的发育，分解抗营养因子，增加某些营养物质的消化利用率，通过营养与空间的竞争，形成优势菌群抑制有害菌的繁殖与生长。正常情况下，肠道菌群在数量，种类以及定植部位上保持平衡，当该种平衡遭到破坏时，就会抑制畜禽的生长，使动物对疾病敏感。抗生素特别是广谱性抗生素，在杀灭病原菌的同时，也将抑杀对人类和动物胃肠道的有益菌群，造成机体内菌群失调，从而诱发消化功能紊乱。